一、 定位不同
公众号主要用于信息的传递实现人与信息的连接，借助H5能够实现简单的交互，主要以营销和信息传递为主简单的服务为辅，而小程序从功能上与公众号有严格区分（不支持关注、消息推送等营销手段），一方面使得产品与服务不至于淹没在公众号营销信息中，另一方面支持公众号、朋友圈、群与小程序之间的互动与导游，使得开发者专心做产品与服务，从而为微信带来大量长尾服务叠加微信自身重度服务打造从社交到信息连接再到服务的生态圈。
二、 功能不同
微信与公众号在开发语言、设计规范、营销方式、审核机制等功能方面均有较大不同。公众号是一种账号类型，为用户提供信息与资讯发布平台，提供了一种新的信息传播方式，构建与读者之间更好的沟通与管理模式，结合H5以后公众号也能够提供一些简单交互功能。小程序主要旨在提供服务，相比公众号运动更流畅，能够提供更加复杂的产品与服务。公众号功能主要围绕信息传递与营销展开，小程序对营销功能进行了严格控制以与公众号区别，使得小程序的服务在使用体验与便捷性能够得到提升，不至于淹没在公众号过度营销信息中。
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三、实现技术区别
小程序是微信内的云端应用，所以无需安装，不是原生APP，通过WebSocket双向通信，本地缓存以及微信底层技术优化实现了接近原生APP的体验。
公众号是基于传统H5开发与运行，传统H5运行环境是浏览器，微信小程序运行环境并非完整的浏览器，开发过程中用到H5相关的技术，微信小程序的运行环境是微信基于浏览器内核完全重构的一个内置解析器，针对小程序专门做了优化，配合自己定义的开发语言标准（基于H5进行了优化），提升了小程序的性能。系统权限方面，微信小程序能够通过微信APP获得更多的系统权限，比如网络通过状态、数据缓存能力等，在此微信APP相当于架在原有系统中的新的操作系统，小程序借助微信与系统间接交互，使得能够拥有原生APP的体验。
四、体验上的差别
公众号中点击应用功能后顶部出现绿色进度条需要等一段时间，对于业务逻辑复杂交互要求高的应用使用起来体验较差。而小程序将会非常流畅几乎无需等待，类似普通APP操作一样流畅。主要原因是公众号没有本地缓存，所以每次打开都是会请求服务器刷新页面，造成延时较长体验下降，小程序对UI与图片本地缓存，只需要对服务器请求交互数据，页面切换无需刷新，所以体验能够接近原生APP的流畅程度。
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